Deniz tabanı sondaj ve araştırma faaliyetleri, deniz ekosistemi üzerinde çeşitli çevresel etkilere neden olabilir. Bu etkiler arasında deniz canlılarının yaşam alanlarının bozulması, su kirliliği ve deniz tabanının fiziksel olarak değişmesi sayılabilir. Bu nedenle, çevresel etkileri minimize etmek için çeşitli koruma önlemleri alınmalıdır.