Entegrasyon sürecinde veri güvenliği sağlanması için güvenlik önlemleri alınmalıdır. Bu önlemler arasında veri şifreleme, güvenli ağ bağlantıları, yetkilendirme ve kimlik doğrulama yöntemleri bulunur. Böylece entegre olan sistemler arasında veri güvenliği sağlanır.