ERP yazılımının maliyeti, işletmenin ihtiyaçlarına ve seçilen yazılımın özelliklerine bağlı olarak değişir. Genellikle, yazılım lisans ücretleri, kurulum ve özelleştirme maliyetleri, donanım ve altyapı maliyetleri, eğitim ve destek hizmetleri gibi faktörler dikkate alınır. Uzun vadeli faydalar göz önüne alındığında, ERP yatırımının getirisi genellikle maliyetlerden daha yüksektir.