Organik gübreler genellikle toprağa karıştırılarak veya bitkilerin kök bölgesine uygulanarak kullanılır. Kullanım talimatları ürünün üzerinde belirtilir ve genellikle bitki türüne ve toprak koşullarına bağlı olarak değişir. Organik gübrelerin düzenli ve dengeli bir şekilde uygulanması, bitkilerin besin ihtiyaçlarını karşılamalarına yardımcı olur.