Organik gübrelerin depolanması, ürünün kalitesini korumak için önemlidir. Gübreler, nemden ve doğrudan güneş ışığından korunmalıdır. Ayrıca, depolama alanı iyi havalandırılmalı ve gübrelerin diğer kimyasallarla temas etmesi engellenmelidir. Depolama talimatları ürünün ambalajında veya üretici tarafından sağlanan bilgilerde belirtilir.