Organik gübrelerin sertifikasyon süreci, belirli standartlara uygun olarak üretilmelerini ve işlenmelerini sağlar. Sertifikasyon kuruluşları, üreticilerin üretim sürecini denetler ve organik gübrelerin sertifikasyon kriterlerini karşıladığına dair belgelendirme yapar. Organik gübrelerin sertifikasyonu, tüketicilere ürünün organik olduğunu garanti eder.