Organik tarım ürünlerinin sertifikasyon maliyetleri, üreticinin üretim ölçeğine, ürün çeşitliliğine ve sertifikasyon kuruluşuna bağlı olarak değişir. Genel olarak, sertifikasyon süreci ve denetimler için belirli bir ücret ödenmesi gerekmektedir.